自然界中的第一個分形分子組裝成謝爾賓斯基三角形,我們不知道為什么
從螺旋臂星系到微小的雪晶,自然界似乎陷入了類似分形的模式以越來越小的增量重復(fù)。無論你走多小,圖案的某些部分仍然與整體相似。
一個例外似乎是分子,它們尚未在不斷變化的尺度上表現(xiàn)出自相似性。也就是說,直到現(xiàn)在。
來自德國、瑞典和英國的研究人員發(fā)現(xiàn)了一種由單細(xì)胞生物產(chǎn)生的酶,這種酶可以將自己排列成分形——不僅僅是任何分形,而是一種稱為謝爾賓斯基三角形.
該酶是由藍(lán)藻產(chǎn)生的檸檬酸合酶的一種形式Synechococcus elongatus(細(xì)長聚球菌),它從非分形前體進(jìn)化而來,表明這種分子模式可以出人意料地迅速出現(xiàn)。
“我們完全是偶然發(fā)現(xiàn)的,當(dāng)我們第一次使用電子顯微鏡拍攝圖像時,幾乎不敢相信我們所看到的,”生物化學(xué)家Franziska Sendker說德國馬克斯·普朗克陸地微生物研究所。
“蛋白質(zhì)形成了這些美麗的三角形,隨著分形的增長,我們在它們的中間看到這些越來越大的三角形空隙,這完全不同于我們以前見過的任何蛋白質(zhì)組裝。
研究人員發(fā)現(xiàn),這是有原因的。他們使用電子顯微鏡在原子水平上研究分子的結(jié)構(gòu),檢查蛋白質(zhì)鏈?zhǔn)侨绾芜B接的。
大多數(shù)分子具有高度對稱的結(jié)構(gòu),每條蛋白質(zhì)鏈都落入與其周圍的蛋白質(zhì)鏈相同的排列和關(guān)系中。檸檬酸合酶的這種特殊結(jié)構(gòu)設(shè)法打破了這一規(guī)則:蛋白質(zhì)鏈以略有不同的方式連接起來,這取決于它們在分子中的位置。
結(jié)果是謝爾賓斯基安排,有趣的是,該團(tuán)隊的研究發(fā)現(xiàn),這似乎是一場完全沒有任何作用的事故。當(dāng)團(tuán)隊進(jìn)行基因操作時S. elongatus(細(xì)長鏈球菌)為了產(chǎn)生非分形檸檬酸合酶,它對細(xì)菌根本沒有影響。
“進(jìn)化經(jīng)常使用自組裝來調(diào)節(jié)酶,但在這種情況下,發(fā)現(xiàn)這種酶的藍(lán)藻似乎并不關(guān)心它的檸檬酸合酶是否可以組裝成分形。進(jìn)化生物學(xué)家Georg Hochberg說馬克斯·普朗克陸地微生物研究所。
“這促使我們懷疑這是否只是一個無害的進(jìn)化事故。當(dāng)所討論的結(jié)構(gòu)不太難建造時,就會發(fā)生這樣的事故。
對于分子來說,分形模式似乎并不是一件非常困難的事情。研究人員通過使用祖先序列重建來探索進(jìn)化歷史,以確定今天出現(xiàn)的檸檬酸合酶分子的前體,以及可能隨著時間的推移改變其結(jié)構(gòu)的氨基酸取代。
事實證明,只需要極少量的突變就可以改變分子的形狀,而且速度驚人。但來得容易就是去得容易——它可以很快再次消失。事實上,該團(tuán)隊的研究表明,分形分子在過去多次出現(xiàn)在不同種類的藍(lán)藻中。
只是,如果分形結(jié)構(gòu)在生物學(xué)上沒有幫助,那么生物體就沒有理由保留它,所以它就消失了。為S. elongatus(細(xì)長鏈球菌),謝爾賓斯基分子可能只是暫時的?;蛘撸苍S在自然界中,有一些在實驗室環(huán)境中沒有觀察到的好處。
“我們懷疑自組裝中的進(jìn)化轉(zhuǎn)變可能比結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫看起來更常見,”研究人員在他們的論文中寫道.
“也許只有一小部分對他們的生物體變得重要并持續(xù)存在。許多其他人會像它們出現(xiàn)一樣迅速消失。因此,我們只能想知道,在億萬年的時間里,有多少獨特的集會已經(jīng)演變成從未出現(xiàn)過供我們觀察的集會。
研究結(jié)果已發(fā)表在自然界.
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